Úvod Kapitola 1 Všeobecná mikrobiológiaKapitolu zostavila Adriána Liptáková 1.1 Zásady práce v mikrobiologickom laboratóriu, zásady odberu, spracovania a uchovávania materiálu pre mikrobiologickú diagnostiku 1.2 Klasifikácia baktérií 1.3 Tvar a štruktúra bakteriálnej bunkyTvar a usporiadanie bakteriálnych buniekŠtruktúra a organizácia bakteriálnej bunkyVnútrobunkové štruktúry baktériíBunková stena baktérií a štruktúry súvisiace s bunkovou stenou1.4 Rast a metabolizmus mikroorganizmov Rast a množenie baktériíBakteriálna výživaRast baktérií v organizme hostiteľa a v laboratórnych podmienkachVyužitie poznatkov o raste a metabolizme baktérií pri laboratórnej diagnostike infekčných chorôb1.5 Genetika baktérií Genetická informáciaBakteriálny genómReplikácia DNATranskripcia a regulácia génovej expresieTransláciaHorizontálny transfer génov1.6 Vznik a priebeh bakteriálnej infekcieZdroj infekcieCesta prenosu a brána vstupuVýsledok interakcie baktérií a človekaKlinický priebeh infekčnej chorobyVýskyt infekčných chorôb1.7 Patogénnosť, faktory virulencie a patogenetické mechanizmy baktérií Prenos a vstup baktérií do organizmuAdhézia baktérií na povrchy hostiteľa a ich kolonizáciaUnikanie baktérií pred obrannými mechanizmami hostiteľaInvázia a poškodenie štruktúr a funkcií organizmu hostiteľa baktériamiTvorba biofilmuRegulácia tvorby faktorov virulencieVýznam štúdia faktorov virulencie pre diagnostiku, liečbu a prevenciu infekčných chorôb1.8 Fenotypová adaptácia baktérií vo vonkajšom prostredí a v organizme človeka Environmentálny stres a baktérieBakteriálny biofilm a odolnosť voči antibakteriálnym látkamSubpopulácie baktérií tvoriace drobné kolónie (SCV formy)Metabolicky neaktívne perzistujúce baktérieFenotypová adaptácia a antibakteriálna terapia1.9 Laboratórna diagnostika bakteriálnych ochorení1.10 Antibakteriálna liečba Antibiotiká a chemoterapeutiká s antibakteriálnym účinkomRozdelenia antibiotík podľa chemickej štruktúry a cieľového miesta zásahu v bakteriálnej bunkeRezistencia baktérií voči antibiotikám a antibakteriálnym chemoterapeutikámAntibiotiká používané v liečbe infekčných chorôbAntiseptiká a liečba infekčných chorôbĎalšie prípravky vhodné na antibakteriálnu liečbuImunomodulátory mikrobiálneho pôvodu (IMO)1.11 Klasifikácia vírusov, štruktúra a replikáciaKlasifikácia vírusovŠtruktúra vírusovVírusová replikácia1.12 Patogenéza vírusových infekcií Interakcia vírusu s bunkou Interakcia vírusu s organizmom Obrana organizmu voči vírusovej infekcii Imunopatologické javy Epidemiologické aspekty patogenézy Prežívanie vírusu v populácii a kontrola infekcie 1.13 Laboratórna diagnostika vírusových ochorení Odber a transport biologického materiálu Priama diagnostika Nepriama diagnostika Diagnostický algoritmusInterpretácia výsledkov laboratórnych vyšetrení1.14 Antivírusová liečba1.14.1 Antivirotiká pre liečbu herpetických infekcií1.14.2 Antivirotiká pre liečbu chrípky1.14.3 Antivirotiká pre liečbu covid-191.14.4 Antivirotiká na liečbu niektorých iných infekcií1.14.5 Liečba chronických vírusových hepatitíd1.14.6 Antivirotiká na liečbu infekcie HIV1.15 Klasifikácia medicínsky významných parazitov, štruktúra a replikácia1.15.1 Medicínsky významné prvoky 1.15.2 Medicínsky významné helminty1.16 Patogenéza parazitárnych infekcií1.17 Laboratórna diagnostika parazitárnych ochorení1.18 Antiparazitárna liečba1.18.1 Antiprotozoiká 1.18.2 Antihelmintiká1.19 Úvod do mykologie, obecné vlastnosti a morfologie hub, klasifikace medicínsky významných hub1.19.1 Obecné vlastnosti medicínsky významných hub1.19.2 Morfologie mikromycet 1.19.3 Klasifikace medicínsky významných hub1.20 Medicínsky význam hub a patogeneze mykotických infekcí1.20.1 Mykobiom1.20.2 Houby a lidská onemocnění 1.20.3 Patogeneze mykóz a faktory virulence hub1.21 Laboratórna diagnostika mykotických ochorení1.21.1 Odbery klinického materiálu u mykotických ochorení 1.21.2 Diagnostika mykóz1.22 Mykotoxikózy1.22.1 Mykotoxíny1.22.2 Akútne primárne mykotoxikózy1.22.3 Chronické primárne mykotoxikózy1.22.4 Sekundárne mykotoxikózy1.22.5 Najvýznamnejšie mykotoxíny1.23 MykoalergiePrejavy alergie a jej liečba1.24 Antimykotika1.24.1 Obecná charakteristika antimykotik1.24.2 Polyenová antimykotika1.24.3 Azolová antimykotika1.24.4 Echinokandiny1.24.5 Antimetabolity1.24.6 Antimykotika inhibující mitotické vřeténko1.24.7 Allylaminová antimykotika1.24.8 Další lokální antimykotika1.24.9 Antimikrobiální terapie pneumocystózy Kapitola 2 Imunitný systémKapitolu zostavil Milan BUC2.1 Vlastnosti imunitného systému2.1.1 Vlastnosti imunitnej odpovede2.1.2 Morfológia imunitného systému2.1.3 Bunky imunitného systému2.1.4 Principiálne solubilné molekuly imunitného systému2.1.5 HLA-komplex a povrchové molekuly leukocytov2.1.6 Základné princípy adaptívnej imunitnej odpovede2.2 Imunitná odpoveď na mikroorganizmy 2.2.1 Obrana proti extracelulárne parazitujúcim baktériám2.2.2 Obrana proti intracelulárne parazitujúcim baktériám2.2.3 Obrana proti vírusom2.3 Aktívna a pasívna imunizácia2.3.1 Vakcinácia2.3.2 Vírusom podobné častice – VLP-vakcíny2.3.3 Vektorové vakcíny2.3.4 DNA-vakcíny2.3.5 Vakcíny využívajúce mRNA2.3.6 Adjuvanciá2.3.7 Vakcinácia v detskom veku, starobe a pri imunosupresívnej liečbe2.3.8 Pasívna imunizácia Kapitola 3 Špeciálna MIKROBIOLÓGIA Špeciálna bakteriológiaZostavila Lívia SLOBODNÍKOVÁ3.1 Streptococcus Streptococcus pyogenesStreptococcus agalactiaeOstatné beta-hemolytické streptokokyStreptococcus pneumoniaeViridujúce streptokokyLaboratórna diagnostika streptokokových infekcií 3.2 Enterococcus 3.3 Staphylococcus a ďalšie aeróbne a fakultatívne anaeróbne grampozitívne koky Staphylococcus aureusKoaguláza-negatívne stafylokokyLaboratórna diagnostika chorôb stafylokokovej etiológieTerapia a prevencia chorôb stafylokokovej etiológieĎalšie aeróbne a fakultatívne anaeróbne grampozitívne koky3.4 BacillusBacillus anthracisBacillus cereusĎalšie druhy rodu Bacillus3.5 Listéria a ďalšie grampozitívne paličky Listeria monocytogenesErysipelothrix rhusiopathiae3.6 Mycobacterium a príbuzné acidorezistentné baktérie Rod MycobacteriumRod NocardiaRod RhodococcusOstatné slabo acidorezistentné mikroorganizmyNiektoré príbuzné neacidorezistentné aktinobaktérie3.7 Corynebacterium a Arcanobacterium Rod CorynebacteriumArcanobacterium haemolyticum3.8 Neisseria a príbuzné rody – Eikenella, KingellaRod NeisseriaEikenella corrodensKingella kingae3.9 Enterobacterales Rod EscherichiaRod ShigellaRod SalmonellaRod YersiniaRod KlebsiellaRody Proteus, Morganella a ProvidentiaRody Enterobacter, Pantoea, Cronobacter, Serratia a CitrobacterRod Plesiomonas3.10 Vibrio a Aeromonas Rod VibrioRod Aeromonas3.11 Haemophilus a príbuzné rody – ActinoBacillus, Aggregatibacter, PasteurellaRod HaemophilusRod ActinobacillusRod AggregatibacterRod Pasteurella3.12 Gramnegatívne nefermentujúce baktérie Rod PseudomonasRod AcinetobacterRod Moraxella Stenotrophomonas maltophilia Rod BurkholderiaĎalšie rody gramnegatívnych nefermentujúcich paličiek3.13 Gramnegatívne mikroaerofilné paličky – Campylobacterales CampylobacteraceaeHelicobacteraceae3.14 Kultivačne náročné gramnegatívne baktérieRod BordetellaRod LegionellaRod CardiobacteriumRod BartonellaRod BrucellaRod FrancisellaKultivačne náročné baktérie, vyvolávajúce ochorenia človeka po uhryznutí zvieraťom3.15 Anaeróbne baktérie Sporulujúce anaeróbne grampozitívne paličky – rod Clostridium a ClostridioidesNesporulujúce anaeróbne baktérieLaboratórna diagnostika anaeróbnych infekcií3.16 Spirochéty – rod Treponema, Borrelia a Leptospira Rod TreponemaRod Borrelia a BorreliellaRod Leptospira3.17 Mollicutes – Mycoplasma a Ureaplasma 3.18 Striktne intracelulárne baktérie – Rickettsia, Orientia, Coxiella, Ehrlichia a AnaplasmaRickettsia a OrientiaRod CoxiellaRody Ehrlichia a Anaplasma3.19 Chlamydia 3.20 Cyanobacteria Špeciálna virológiaZostavila Adriána Liptáková3.21 Papilomavírusy a polyomavírusyPolyomavírusy3.22 Adenovírusy3.23 HerpesvírusyHerpes simplex vírus 1 a 2 (HSV- 1 a HSV- 2) Varicella zoster vírus (VZV)Vírus Epsteina – Barrovej (EBV)Ľudský cytomegalovírus (CMV)Ľudský herpesvírus 6 a 7 (HHV-6, HHV-7)Ľudský herpesvírus 7Ľudský herpesvírus 8 (HHV-8)3.24 Poxvírusy3.25 Parvovírusy 3.26 PikornavírusyEnterovírusyRhinovírusy3.27 Koronavírusy a norovírusyKoronavírusy Norovírusy3.28 ParamyxovírusyParamyxoviridae 3.29 Orthomyxovírusy Infuenzavírus A 3.30 Rhabdovírusy Rod Lyssavírus Rod Vezikulovírus 3.31 Filovírusy a BornavírusyFilovírusy Bornavírusy 3.32 Reovírusy Orthoreovírus Rotavírus Coltivírus Orbivírus 3.33 Togavírusy3.34 Flavivírusy3.35 Bunyavírusy a ArenavírusyBunyaviridaeArenaviridae3.36 Retrovírusy Lentivirinae Onkovirinae 3.37 Vírusy hepatitíd3.38 PriónyGenetická forma Creutzfeldtovej – Jakobovej chorobyNový variant Creutzfeldtovej – Jakobovej chorobyŠpeciálna parazitológiaZostavil František Ondriska3.39 Parazitické prvoky3.39.1 Črevné a urogenitálne prvoky3.39.2 Tkanivové a krvné prvoky3.40 Platyhelminthes – ploskavce 3.40.1 Trematodes – motolice3.40.2 Cestodes – pásomnice3.41 Nematoda – hlístovce 3.41.1 Črevné nematoda3.41.2 Tkanivové nematoda3.41.3 Filárie3.42 Parazitické článkonožce (Arthropoda) 3.42.1 Roztoče – acarina3.42.2 Hmyz – insectaŠpeciálna mykológiaZostavil Filip Růžička3.43 Povrchové a kožní mykózy3.43.1 Obecná charakteristika3.43.2 Dermatofyty3.43.3 Kožní kandidózy3.43.4 Povrchové mykózy3.43.5 Diagnostika a terapie kožních a povrchových mykóz3.44 Kvasinkovité mikromycety3.44.1 Obecná charakteristika3.44.2 Rod Candida 3.44.3 Ostatní rody kvasinek3.45 Rod Pneumocystis 3.46 Podkožné a hĺbkové infekcie vyvolané vláknitými hubami3.46.1 Mukormykózy3.46.2 Aspergilózy a iné hyalohýfomykózy3.46.3 Feohýfomykózy3.46.4 Mycetómy a chromoblastomykóza3.47 Původci endemické mykóz, dimorfní mikromycety3.47.1 Obecná charakteristika3.47.2 Diagnostika a terapie endemických mykóz3.47.3 Endemické mykózy a jejich původci Kapitola 4 Ľudský mikrobiómKapitolu zostavila Katarína ČUROVÁ4.1 Ľudský mikrobióm – úvod4.2 Zloženie ľudského mikrobiómu, jeho formovanie a vplyv na zdravie človeka4.3 Gastrointestinálny mikrobióm4.3.1 Fyziológia gastrointestinálneho traktu vo vzťahu k mikrobiómu4.3.2 Zloženie gastrointestinálneho mikrobiómu4.3.3 Význam gastrointestinálneho mikrobiómu4.3.4 Gastrointestinálny mikrobióm a ochorenia4.4 Orálny mikrobióm4.4.1 Fyziológia ústnej dutiny vo vzťahu k mikrobiómu4.4.2 Zloženie orálneho mikrobiómu4.4.3 Význam orálneho mikrobiómu 4.4.4 Orálny mikrobióm a ochorenia4.5 Respiračný mikrobióm4.5.1 Fyziológia dýchacích ciest vo vzťahu k mikrobiómu4.5.2 Zloženie respiračného mikrobiómu 4.5.3 Význam respiračného mikrobiómu4.5.4 Respiračný mikrobióm a ochorenia4.6 Kožný mikrobióm4.6.1 Fyziológia kože vo vzťahu k mikrobiómu4.6.2 Zloženie kožného mikrobiómu 4.6.3 Význam kožného mikrobiómu4.6.4 Kožný mikrobióm a ochorenia4.7 Urinárny mikrobióm4.7.1 Fyziológia močových ciest vo vzťahu k mikrobiómu4.7.2 Zloženie urinárneho mikrobiómu 4.7.3 Význam urinárneho mikrobiómu 4.7.4 Urinárny mikrobióm a ochorenia4.8 Mikrobióm reprodukčného traktu4.8.1 Fyziológia reprodukčného traktu vo vzťahu k mikrobiómu4.8.2 Zloženie mikrobiómu reprodukčného traktu4.8.3 Význam mikrobiómu reprodukčného traktu4.8.4 Mikrobióm reprodukčného traktu a ochoreniaKapitola 5 Klinická mikrobiológia Kapitolu zostavila Miroslava HORNIAČKOVÁ5.1 Infekcie horných dýchacích ciest5.2 Infekcie dolných dýchacích ciest 5.3 Infekcie srdcovocievneho systému a krvi5.4 Infekcie centrálneho nervového systému Klinické choroby Mikrobiologická laboratórna diagnostika infekcií CNS 5.5 Infekcie okaKlinické ochorenia5.6 Infekcie rán, mäkkých tkanív a dutiny brušnejInfekcie ránŠpecifické typy infekcií rán Infekcie mäkkých tkanív5.7 Infekcie kostí a kĺbovEpidemiológia, patogenéza a pôvodcovia infekcií kostí a kĺbov 5.8 Infekcie spôsobené anaeróbnymi baktériami5.9 Infekcie kože Infekcie kože spôsobené baktériamiInfekcie vlasových folikulovHlboké infekcie kože5.10 Infekcie ohrozujúce vývoj plodu a novorodencaFyziológia a štruktúraPatogenéza a imunitaEpidemiológia5.11 Infekcie genitálneho traktu a pohlavne prenosné ochoreniaBakteriálni pôvodcovia infekcií genitálneho traktuMykoplazmové infekcieMykotické infekcie genitálneho traktuInfekcie spôsobené vírusmi5.12 Infekcie močových ciest5.13 Infekcie gastrointestinálneho traktu, gastoroenteritídy, infekčná hnačkaEzofagitídaGastritída Gastroenteritída, akútna hnačkaVírusové gastroenteritídy a hnačky Bakteriálne gastroenteritídy a hnačkyParazitárne gastroenteritídy a hnačkyDyzentéria Otravy z potravín5.14 Infekcie pečene a hepatobiliárneho systémuVírusoví pôvodcovia infekcií pečeneMykotické infekcie pečeneInfekcie pečene spôsobené parazitmiInfekcie žlčníka a žlčových ciest5.15 Nozokomiálne infekcieKlinické choroby5.16 Infekcie u imunosuprimovaných pacientovInfekcie u pacientov s nedostatočnou prirodzenou imunitou pôsobením fyzických faktorovInfekcie spojené so sekundárnym získaným – adaptívnym imunodeficitom Dôležité oportúnne patogény5.17 Infekcie súvisiace s biofilmom a cudzím telesom Pôvodcovia infekcií spojených s tvorbou biofilmu5.18 Infekcie zapríčinené biologickou zbraňouRozdelenie biologických zbraní Biologické agensy proti ľuďom5.19 Princípy racionálnej antimikrobiálnej liečbyMykotické infekcieAntimykotiká5.20 Infekcie v dutine ústnejMikrobiológia ústnej dutinyOrálny mikrobiómZubný kazInfekcia zubnej dreneInfekcie parodontuOdontogénne infekcie fasciálnych priestorovOsteomyelitída a osteonekróza čeľustíInfekcie slinných žliazOdontogénna sínusitídaZubné implantáty