Z trojice moderních dvoumotorových typů, tvořících v druhé polovině třicátých let základ výzbroje bombardovací složky Luftwaffe, se Junkers Ju 86 stal bezesporu nejméně úspěšným.

Navzdory svému modernímu vzhledu totiž Ju 86 představoval z konstrukčního hlediska určitý kompromis, rozkročený mezi tradicí a novými směry vývoje letecké techniky. Hlavní příčinou jeho relativního neúspěchu se však stala sázka mateřské firmy Junkers Flugzeugwerke AG na neobvyklý pohon v podobě dvojice dieselových motorů Junkers Jumo 205C. Tyto jednotky žel v řadové vojenské službě nesplnily očekávání a staly se příčinou řady komplikací, které vyústily v předčasné zastavení sériové produkce.

Mateřská firma se situaci Ju 86 pokusila zachránit změnou pohonné jednotky na klasické hvězdicové vzduchem chlazené devítiválce BMW 132, ani to však konstrukci v očích špiček Říšského ministerstva letectví nezachránilo.