Atlas nadväzuje na Atlas kultúrnych zaujímavostí Slovenska a tvorí doplnok k vydaným i plánovaným publikáciám z edície Prírodné Krásy Slovenska. Jeho štruktúra je iná ako v prípade Atlasu kultúrnych zaujímavostí Slovenska, pretože jednotlivé ucelené regióny nepredstavuje samostatne, ale je pripravený skôr ako klasický atlas. Územie Slovenska je v ňom rozdelené na jednotlivé mapové listy, na ktorých sú zakreslené najzaujímavejšie prírodné lokality a chránené územia od rozľahlých národných parkov po najmenšie prírodné rezervácie či prírodné pamiatky. Najvýznamnejšie prírodné lokality sú znázornené čiernou farbou, žltá podkladová farba ešte väčšmi zvýrazňuje ich zaujímavosť.